Заливање је један од главних задатака одржавања бонсаи биљака. Заливање делује једноставно, али није лако залити га баш како треба. Заливање треба спроводити у складу са врстом биљке, сезонским променама, периодом раста, периодом цветања, периодом мировања и временским условима биљке. Савладавање времена и количине заливања је веома важно за раст биљака. Смрт неких бонсаи биљака је директно повезана са неправилним заливањем.

Поред тога што снабдева биљке у саксијама водом и хранљивим материјама, земља у саксијама такође одржава нормално дисање биљака ваздухом. Када земља у саксијама има довољно влаге, честице земље се шире, истискујући ваздух у празнинама између честица, што узрокује недостатак ваздуха у земљи; када је земља у саксијама сува или релативно сува, честице земље се смањују, запремина постаје мања, а празнине између честица се поново појављују. Празнине се пуне ваздухом.

Како се земљиште мења између сувог и влажног, ваздух у земљишту у саксији такође континуирано циркулише, омогућавајући корену биљке да нормално дише. Након сваког заливања, корење биљке ће моћи да толерише недостатак кисеоника у земљишту у саксији у кратком временском периоду. Међутим, ако је земљиште у саксији превише влажно дуже време, што доводи до дугорочног недостатка кисеоника, узроковаће ерозију корена и друге болести; ако је земљиште суво дуже време, иако у земљишту у саксији има довољно кисеоника, биљке не могу дуго да апсорбују воду, што је такође штетно за раст биљака и може чак довести до њихове смрти. Стога, приликом заливања бонсаи биљака, треба се придржавати принципа „не заливајте их када су суве, залијте их темељно“.

Недовољно заливање и дехидрација биљака довешће до тога да гранчице увену и опадну, а листови увену, пожуте и отпадну. Код четинарских врста, иглице ће постати мекане и изгубити свој јак и бодљикав осећај. Када је недостатак воде озбиљан, кортекс гранчица се скупља као да се најежи кожа. Ако се оваква ситуација појави лети, одмах треба да преместите биљку на осенчено место. Након што температура падне, прво попрскајте листове водом, затим сипајте мало воде у саксију, а затим темељно пролијте воду после једног сата.

Код јако дехидрираних биљака, водите рачуна да не заливате довољно одједном, јер када је биљка јако дехидрирана, кора корена се скупила и налази се близу ксилема. Ако се изненада обезбеди велика количина воде, коренов систем ће се проширити због брзе апсорпције воде, што ће довести до пуцања коре, што ће довести до угињања биљке, па је потребан постепен процес адаптације. Након што биљке којима озбиљно недостаје воде прођу горе наведени третман, најбоље је држати их у хладу неколико дана, а затим их гајити на сунцу када ојачају. Међутим, немојте претеривати са заливањем. Поред тога што узрокује стрми раст биљака, што утиче на облик дрвета и украсну вредност, прекомерно заливање такође може лако изазвати труљење корена и смрт. Минијатурне саксије за бонсаи захтевају мање земље, па је посебно важно заливати их у право време и у правој количини.