Заливање је један од главних задатака управљања за бонсаи биљке. Заливање изгледа једноставно, али није лако залити га баш како треба. Заливање вршити у зависности од врсте биљке, сезонских промена, периода раста, периода цветања, периода мировања и временских услова биљке. Савладавање времена и количине заливања је веома важно за раст биљака. Смрт неких бонсаи биљака је директно повезана са неправилним заливањем.

Поред снабдевања водом и хранљивим материјама биљкама у саксији, земља у саксији такође одржава нормално дисање ваздуха биљака. Када земља у саксији има довољно влаге, честице тла се шире, истискујући ваздух у празнинама између честица, узрокујући недостатак ваздуха у земљишту саксије; када је земља у посуди сува или релативно сува, честице тла се скупљају, запремина постаје мања, а празнине између честица се поново појављују. Празнине су испуњене ваздухом.

Како се тло мења између сувог и влажног, ваздух у земљишту у саксији такође непрекидно циркулише, омогућавајући корену биљке да нормално дише. После сваког заливања, корени биљке ће моћи да толеришу недостатак кисеоника у земљишту саксије у кратком временском периоду. Међутим, ако је земља у саксији дуго времена превише влажна, што доводи до дуготрајног недостатка кисеоника, то ће изазвати ерозију корена и друге болести; Ако је земља дуго сува, иако има довољно кисеоника у земљишту саксије, биљке не могу дуго да апсорбују воду, што такође штети расту биљака, па чак може довести до угинућа. Због тога, приликом заливања бонсаи биљака треба се придржавати принципа „не заливајте их када су суве, залијте их темељно“.

Недовољно заливање и дехидрација биљака довешће до венућа и опадања гранчица, а до сушења, жуте и опадања листова. У случају четинарских врста, иглице ће постати мекане и изгубити јак и бодљикав осећај. Када је недостатак воде озбиљан, кортекс гранчица се скупља као најеживање. Ако наиђете на ову ситуацију током лета, одмах треба да преместите биљку на засјењено место. Након што температура падне, прво попрскајте лишће водом, затим сипајте мало воде у лонац, а након једног сата темељно сипајте воду.

Код јако дехидрираних биљака, пазите да не заливате довољно одједном, јер када је биљка јако дехидрирана, кортекс корена се смањио и налази се близу ксилема. Ако се изненада унесе велика количина воде, коренов систем ће се проширити услед брзог упијања воде, узрокујући пуцање кортекса, што доводи до угинућа биљке, тако да је потребно постепено прилагођавање. Након што биљке које имају озбиљан недостатак воде подвргну горе наведеном третману, најбоље је да их неколико дана држите у хладовини, а затим да их култивишете на сунцу након што ојачају. Међутим, немојте превише залијевати. Поред тога што доводи до стрмог раста биљака, што утиче на облик дрвета и украсну вредност, прекомерно заливање такође може лако изазвати трулеж и смрт корена. Минијатурне саксије за бонсаи захтевају мање земље, па је посебно важно да их заливате у право време иу правој количини.